企业进入破产程序之后，不管债务人是知识产权许可合同的许可方，还是被许可方，双方依据合同产生的双务契约关系都会发生变化。如前所述，《企业破产法》对破产财产的范围界定仅有原则性规定，未明确规定破产财产中的知识产权范围。知识产权许可协议被许可人对知识产权的使用权是否属于破产财产在司法实践中存在争议。《企业破产法》第18条规定，人民法院受理破产申请后,管理人对破产申请受理前成立而债务人和对方当事人均未履行完毕的合同有权决定解除或者继续履行,并通知对方当事人。管理人自破产申请受理之日起二个月内未通知对方当事人,或者自收到对方当事人催告之日起三十日内未答复的,视为解除合同。管理人决定继续履行合同的,对方当事人应当履行；但是,对方当事人有权要求管理人提供担保。管理人不提供担保的,视为解除合同。由此可见，作为协议一方的企业进入破产程序，知识产权许可协议的性质与许可费用支付条款有直接关系，如果许可费用支付条款约定事先一次性支付费用，在不需要继续承担履行义务的情况下，可以直接看做合同当事人的财产范围；如果许可费用支付条款约定分次支付费用且处于分次支付过程中，那么属于破产法意义上的待履行合同。
针对上述属于破产法意义上的待履行合同的知识产权协议，亦即双方尚未履行或者尚未履行完毕的合同，根据上述《企业破产法》第18条的规定，在破产程序开始后，管理人享有决定继续履行合同或者解除合同的权利。此时存在两种情况：债务人是知识产权许可协议的被许可人，债权人是知识产权许可协议的许可人。如果债务人是知识产权许可协议的被许可人，其对知识产权的使用权属于破产财产，其破产时就可能将知识产权转让给未经许可人同意的第三方。亦即，被许可人破产给许可人的竞争者以可乘之机，竞争者可以不经过许可人同意便向亟待出售资产的债务人购买许可人知识产权项下的权利，从而使用其平时无法接触的专利及其他知识产权，许可人将因被许可人的破产而丧失对知识产权许可的控制。这与知识产权作为竞争工具的属性存在冲突，将导致破产管理人通过股权转让等方式将知识产权许可协议间接转移至第三人所导致的许可人丧失对知识产权的控制的问题。
